舰队分配是决定战斗效率与资源管理的关键。一支合理的舰队需要兼顾指挥值限制、舰船定位、站位逻辑以及战术目标。指挥值是舰队编组的核心限制，每支舰队最多容纳300指挥值的舰船，升级基地后可提升至400。舰船在舰队中的位置分为前排、中排和后排，敌方会优先攻击前排，因此需根据舰船定位合理分配防御与输出单位。
前排通常由高防御或高闪避的舰船承担，例如装甲型护卫舰或巡洋舰；中排适合放置均衡型或高火力单位；后排则优先部署远程输出或支援类舰船。需舰船位置无法手动调整，完全依赖蓝图中的预设定位。在编组前务必了解每艘舰船的属性，避免将脆皮单位误置于前排。
舰队命名虽为细节，却能影响实战策略。系统支持自定义名称，建议避免使用默认命名。通过为舰队起误导性名称（如将主力舰队命名为炮灰舰队），可以在PVP中迷惑对手。舰队属性界面会展示火力、移动速度、仓储容量等关键数据，编组时应根据任务需求调整配置。采集舰队需侧重仓储与速度，而攻击舰队则应最大化火力与生存能力。
高速舰队适合突袭与包夹战术，通常由移动速度800以上的护卫舰组成；攻城舰队需搭配高攻城属性的舰船；防空舰队则依赖载机舰与防空护航艇。维修船在前期有一定作用，但后期因治疗量不足逐渐被淘汰。灵活运用增援指令可临时补充高人口舰船，但需注意增援单位的移动速度可能拖累整体舰队。
通过反复优化编组逻辑，玩家能逐步掌握从基础到高阶的舰队管理技巧，从而在拉格朗日的宇宙中占据优势。
