构建合理的通关阵容需要兼顾属性平衡与专精化分工。二周目的敌方训练家等级普遍提升，阵容也更为多样化，因此单一强力宝可梦难以应对所有挑战。队伍应包含坦克型、输出型、辅助型等不同角色定位，同时覆盖水系、电系、冰系等关键属性以形成克制链。初始宝可梦的选择对后期发展影响显著，喷火龙因其火+飞行双属性及高攻击力成为二周目推荐选项，但妙蛙种子和水箭龟也能通过技能多样性弥补属性局限。
水系宝可梦如暴鲤龙或水箭龟能有效对抗火系与岩石系敌人；电系的电击兽或雷丘可针对飞行系和水系；冰系急冻鸟或乘龙则能压制龙系对手。超能力系的胡地或耿鬼在对抗格斗系和毒系时表现突出。需注意避免属性重复导致的战术盲区，例如全队弱电或弱岩的配置会大幅增加通关难度。钢系的大钢蛇凭借高防御力可作为物理盾牌，而幽灵+毒组合的黑夜魔灵则能干扰敌方节奏。
每只宝可梦应配备至少两种不同属性的攻击技能，例如喷火龙可搭配火焰喷射与飞行系技能，水箭龟则可学习冲浪和冰光。辅助技能如催眠粉、电磁波等控场手段能创造输出机会，而自我再生、光墙等续航技能可提升持久战能力。技能机器如攀瀑、碎岩在探索过程中不可或缺，需合理分配给适合学习的宝可梦。注意保留技能槽位给秘传技能，避免因技能遗忘导致流程卡顿。
通过七岛任务获取传说宝可梦如火焰鸟、闪电鸟后，应及时替换队伍中的过渡型成员。二周目新增的火箭队仓库、灯火山等区域会提供关键道具和稀有遭遇，建议在挑战四天王前完成这些支线以强化队伍。等级管理尤为重要，主力成员建议保持相近等级，避免因等级断层导致战术执行困难。利用游戏中的训练师塔进行针对性训练，可有效检验阵容强度。
典型的六成员配置可包含：火+飞行属性的主攻手，水+冰属性的控场者，电系的高速特攻手，钢/岩石系的物理防御者，超能力/幽灵系的特殊防御者，以及龙/格斗系的属性补盲者。这种结构能应对绝大多数战斗场景，但具体选择仍需根据个人操作习惯调整。记住没有绝对完美的阵容，持续优化战术思维才是通关的关键。
